Auf Betreiben von Gottfried Benn wurde Werfel im Frühjahr 1933 (kurz nach der Machtübernahme des NS-Regimes) ausgeschlossen.
Auf dem Höhepunkt seiner amerikanischen Bestsellererfolge sagte Franz Werfel zu seinem Freund Friedrich Torberg: „Wenn ich die Alma nicht getroffen hätte – ich hätte noch hundert Gedichte geschrieben und wäre selig verkommen …“ Laut Torberg hatte Werfel „oft und oft davon gesprochen, wie unvorstellbar ein Leben ohne Alma für ihn gewesen wäre“.
Nach dem „Anschluss“ Österreichs, 1938, ließ sich Werfel, der sich schon im Winter 1937/1938 mit seiner Frau im Ausland aufgehalten hatte und nach dem Anschluss nicht mehr zurückkehrte, mit Alma in Sanary-sur-Mer in Südfrankreich nieder, wo auch andere Emigranten lebten. 1940, als die Wehrmacht große Teile Frankreichs besetzte, fand er Zuflucht in Lourdes; Werfel gelobte, falls er gerettet würde, ein Buch über die heilige Bernadette zu schreiben.
Zu Fuß überquerte er mit seiner Frau Alma sowie Heinrich, Nelly und Golo Mann die Pyrenäen nach Spanien. Das Ehepaar erreichte von dort Portugal und emigrierte im Oktober 1940 an Bord des griechischen Dampfers Nea Hellas in die USA, nach Beverly Hills und Santa Barbara in Kalifornien.
1943 verschlimmerte sich Werfels Angina Pectoris, und er erlitt zwei Herzanfälle. Am 26. August 1945 starb Werfel im Alter von 54 Jahren an einem Herzinfarkt. Er wurde in Beverly Hills auf dem Rosedale Cemetery begraben.
